Το φυσικό περιβάλλον
Η Ν. Άγιος Ευστράτιος είναι το τρίτο και μικρότερο νησί της Περιφερειακής Ενότητας Λήμνου. Από την προς Βορρά Ν. Λήμνο απέχει 19 ναυτικά μίλια. Το έδαφός του νησιού είναι λοφώδες με ενιαία κορυφογραμμή κατά μήκος βορρά-νότου, εκατέρωθεν της οποίας σχηματίζονται δευτερογενείς λοφοσειρές με ενδιάμεσες κοιλάδες που καταλήγουν στη θάλασσα. Οι υψηλότερες κορυφές είναι το Σημάδι (298 μ) και η Λεμονή Ράχη (288 μ). Η μεγαλύτερη πεδινή έκταση βρίσκεται στη θέση όπου είναι χτισμένος σήμερα ο οικισμός, κάτω από το λόφο του Αγίου Μηνά.
Το υψηλό επίπεδο διατήρησης του φυσικού χώρου αλλά και η αντικειμενική του αξία καθιστούν το νησί ως ένα από τα καλύτερα διατηρημένα οικοσυστήματα στον χώρο του Αιγαίου. Το νησί, μαζί με τη γύρω θαλάσσια περιοχή και τις βραχονησίδες που το περιβάλλουν, αποτελεί τόπο κοινοτικής σημασίας, οικότοπος του δικτύου Natura 2000.
Επιφανειακά νερά δεν υπάρχουν, με εξαίρεση τους εποχιακούς υγροτόπους που σχηματίζονται στις απολήξεις κάποιων ρεματιών κυρίως την άνοιξη, ωστόσο υπάρχουν πολλά υπόγεια νερά που συντηρούν το πλούσιο οικοσύστημα.